Національна академія наук україни інститут мікробіології І вірусології ім. Д. К. Заболотного

Бактеріофаги фітопатогенних і промислово цінних ентеробактерій: особливості вірус-клітинної взаємодії, геноміка та специфіка морфогенезу
Національна академія наук україни інститут мікробіології І вірусології ім. Д. К. Заболотного

Скачати 218.3 Kb.

Дата конвертації 19.04.2016 Розмір 218.3 Kb. НАЦІОНАЛЬНА АКАДЕМІЯ НАУК УКРАЇНИ

Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного

Цикл наукових праць

на здобуття щорічної премії Президента України для молодих учених

Бактеріофаги фітопатогенних і промислово цінних ентеробактерій: особливості вірус-клітинної взаємодії, геноміка та специфіка морфогенезу

КУШКІНА Алла Іванівна кандидат біологічних наук,

старший науковий співробітник

Інституту мікробіології і вірусології

ім. Д.К. Заболотного НАН України

КОРОЛЬ Наталя Андріївна кандидат біологічних наук,

молодший науковий співробітник

Інституту мікробіології і вірусології

ім. Д.К. Заболотного НАН України

ФАЙДЮК Юлія Василівна молодший науковий співробітник

Інституту мікробіології і вірусології

ім. Д.К. Заболотного НАН України

ЖУМІНСЬКА Ганна Іванівна кандидат біологічних наук,

науковий співробітник Біотехнологічного

науково-навчального центру Одеського

національного університету

ім. І.І. Мечникова

РЕФЕРАТ
2016

Віруси бактерій (бактеріофаги) вважаються найбільш численними організмами на Землі, яким властиве широке морфологічне і генетичне різноманіття. Вони відіграють ключову роль в регулюванні мікробного балансу в кожній екосистемі. Зі збільшенням кількості інформації стосовно фагової біології, екології і геноміки бактеріальних вірусів, зростає кількість питань стосовно молекулярних механізмів, що їх забезпечують. Поряд з цим, широке різнопланове вивчення бактеріофагів призводить до розширення кола їх практичного застосування як в якості тонких молекулярних інструментів в генних дослідженнях, так і використання фагів і препаратів на основі їх похідних в медицині, агробізнесі, наноінженерних конструкціях. Особливо росте інтерес їх використання як ефективних антимікробних та імуномоделюючих агентів для клініки та агропромисловості в боротьбі з важкими бактеріальними антибіотикостійкими інфекціями. Застосування бактеріофагів для розробки методів біоінженерії часто є запорукою успіху при вирішенні складних задач біотехнології.

Крім цього, існує і ряд науково-практичних питань, де ключовим фактором являються літичні або помірні фаги. Ці питання були поставлені відносно давно, але ще не знайшли концептуального вирішення. Так, наприклад, різність в патогенному потенціалі серед бактерій різних видів і серед штамів одного виду полягає, головним чином, в наявності і експресії в клітинах генів, які кодують фактори вірулентності. Ці гени, відсутні в непатогенних штамах, та, часто локалізовані не тільки в островах патогенності на бактеріальній хромосомі та різноманітних клітинних епісомах, а і в складі повноцінних і дефектних профагів (помірних бактеріофагів, які знаходяться в асоціації з бактеріальною ДНК). Очевидно, що така група мобільних генетичних елементів, як бактеріофаги, відіграє важливу роль в адаптації та утворенні патогенних бактерій. В процесі, який називається фаговою лізогенною конверсією, кодовані фагом фактори вірулентності перетворюють непатогенного хазяїна в патогенний штам, чи штам зі збільшеною вірулентністю, за рахунок надання бактерії часто нового механізму для інвазії тканин господаря, чи, наприклад, уникання імунного захисту господаря. Більшість бактеріофагів, що несуть такі гени вірулентності є помірними, тобто формують стабільні лізогени, тому детальне дослідження лізогенних систем є вкрай важливим.

Невгамовну цікавість привертає до себе специфічність взаємодії віруса з клітиною-господарем. Крім великого суто наукового інтересу, дослідження цього питання само по собі часто призводить до створення систем біодетекції патогенних бактерій, які застосовуються для ідентифікації збудників захворювань людини, тварин, детекції важливих бактеріальніх патогенів в сировині і готовій харчовій продукції. Крім того, дослідження фагового апарату прикріплення розкривають механізми регулювання численності і структури бактеріальних популяцій в різних середовищах, що дозволяє вдосконалювати стратегії застосування фаготерапії. Поряд з цим, пошук літичних бактеріофагів з широким колом хазяїв, які охоплюють не тільки штами одного виду бактерій, а й різні види і, навіть, роди бактерій, є першочерговою метою для створення високоефективних комерційних терапевтичних фагових міксів.

Поряд з дослідженням апарату прикріплення, велику цікавість викликають і засоби проникнення фагової нуклеїнової кислоти в клітину, а саме фагові лізини. Ці ферменти відіграють важливу роль в фаговій інфекції і відповідають за руйнування стінки бактерій, зокрема її пептидогліканового компоненту. Вони поділяються на лізоцими, які діють на цукрові залишки, ендопептидази, які руйнують пептидні зв’язки, і амідази, які руйнують амідні зв’язки між цукровим і пептидним компонентом. Крім того, в ході дозрівання фагового потомства в клітині накопичуються лізини – ферменти, які руйнують клітину зсередини і дозволяють фаговим часткам вивільнитись. Практична значимість їх дуже висока: вони застосовуються в якості антимікробних агентів прямої дії, чия головна цінність полягає у боротьбі з біоплівками – стійкими угрупованнями бактерій. Такі фагові літичні ферменти необхідні для боротьби з антибіотико-стійкими поверхневими і внутрішніми інфекціями, збудники яких утворюють біоплівки.

Використання бактеріофагів і ферментних продуктів на їх основі в медицині і агробізнесі вважається одним з головних чинників, що може дозволити обмежити та вдосконалити використання антибіотиків.

Незважаючи на значне позитивне практичне значення бактеріальних вірусів зазначене вище, численні комерційні біотехнологічні виробництва, що базуються на використанні бактерій, часто потерпають від фагових інфекцій. Головним наслідком фаголізису промислових штамів є значні економічні збитки. Фаголізис на виробництві може бути як ендогенного, так і екзогенного походження. В першому випадку, фаголізис пов’язаний з наявністю профагів в клітинах комерційних штамів. В лізогенному стані такі профаги не впливають на технологічний процесс. Однак, спонтанна індукція таких профагів і їх масовий перехід до циклу літичного розвитку призводять до лізису бактерій. Головним механізмом запобігання таким втратам є суворий контроль та відбір штамів для впровадження в промисловість, який базується на аналізі сиквенсу повного генома потенційно цінного штаму з експертним висновком стосовно відсутності повноцінних профагів, здатних до літичного розвитку. Крім того, конструюються штами з рекомбінантними системами фагового виключення, які запобігають розповсюдженню інфекції. Інфекції екзогенного походження викликаються, головним чином, літичними фагами. Для запобігання їх розповсюдження існують стандартні протоколи, прийняті на виробництві. Тим не менш, зазначені підходи все одно не дають повного захисту. В літературі найбільш широко описана проблема фаголізису для молочно-кислої промисловості. Однак, інші численні випадки фагової контамінації взагалі не описуються. Тому вивчення популяцій фагів, що утворились в наслідок фаголізису, є необхідним для вдосконалення стратегій боротьби та запобігання втратам на мікробних виробництвах.

У зв’язку з вищезазначеним, дослідження основ функціонування лізогенних систем, структурних особливостей будови фагових часток та їх морфогенезу і фагової геноміки лягають в основу пошуку важливих для практичного застосування властивостей вірусів бактерій, розробки методів біоконтролю і біодетекції бактеріальних патогенів та фаготерапії.

Метою представленого циклу робіт було комплексне молекулярно-біологічне дослідження кількох нових бактеріофагів, хазяями яких є такі важливі ентеробактерії як фітопатогени Pectobacterium carotovorum та Erwinia “horticola” і біоінженерний штам Escherichia coli BL21(DE3), аналіз їх повних геномних сиквенсів, дослідження біорізноманіття полівалентних фагів бактерій, що викликають бактеріальний опік плодових дерев, та оцінка перспектив їх застосування в біотехнології.

Автори робіт використовували мікробіологічні, біохімічні, біофізичні, молекулярно-генетичні, фітопатологічні, біоінформатичні та статистичні методи досліджень. Для виконання представленого циклу робіт були розроблені специфічні методичні підходи.

Об’єктами дослідження були наступні бактеріофаги: помірний бактеріофаг ZF40 Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, літичний бактеріофаг FE44 Erwinia “horticola”, асоціація літичних фагів, ізольованих з уражених «бактеріальним опіком» плодових дерев, та літичний бактеріофаг Lw1 Escherichia coli BL21(DE3).

Дослідження було проведено в чотирьох взаємопов`язаних напрямках, які стосувалися:

дослідження геному і протеому фага ZF40;

лізогенного шляху розвитку помірного бактеріофага ZF40 P. carotovorum subsp. carotovorum (Pcc) та структурної організації геному бактеріофага ZF40;

біології і геноміки літичного бактеріофага FE44 E. “horticola” (Eho)

популяційних властивостей і геноміки літичного фага Lw1 E. coli BL21(DE3)

та біорізноманіття бактеріофагів специфічних до збудників бактеріального опіку дерев.

У дослідженнях, що ввійшли до циклу робіт, вирішені наступні наукові та науково-практичні завдання:

•Здійснено аналіз сиквенсу ДНК бактеріофага ZF40. Фаг віднесено до групи так званих «карликових» φPLPE-подібних фагів, родини Myoviridae. Розмір ДНК фага ZF40 складає 48 454 пн, у ньому виявлено 68 відкритих рамок зчитування. Вміст GC пар складає 50,2 %.

•Визначено, що адекватним індикатором для літичного розвитку бактеріофага ZF40 є штам Рсс M2-4/50RI, який дозволяє отримати стабільні фагові частки. Водночас, розмноження вірулентних варіантів фага на культурі Pcc RC5297 призводить до накопичення окремих структурних компонентів віріона.

•Описано природу структурної гетерогенності фагової популяції, яка лежить в площині порушення ключових стадій морфогенезу і морфопоезу віріона. Ці особливості відображаються на стабільності фагових часток і стійкості їх до дії осмотичного шоку.

•З використанням альтернативного підходу, розробленого на основі фага Т4 і його амбер-мутантаT4Dam23(Н11), вперше отримано висококонцентровані препарати структурних компонентів фага ZF40 та встановлено їх поліпептидний склад.

•Методом тандемної мас-спектрометрії вперше проаналізовано білки, що входять до складу віріонів фага ZF40, ідентифіковано його основні структурні білки і визначено гени, що їх кодують: gp46 – основний білок капсида (33,95 кДа), gp52 — основний білок футляра (39,2 кДа) і gp50 – гіпотетичний основний білок стрижня хвостового відростка (18,3 кДа).

•Визначено, що структурна область генома помірного бактеріофага ZF40 будову, характерну фагам родини Myoviridae, і співвідноситься з даною областю геномів фагів, що належать до групи φPLPE-подібних вірусів бактерій.

•Вперше показано, що с–модуль помірного бактеріофага ZF40 фітопатогенної бактерії Pcc складається з 4 цистронів. Для дослідження лізогенного розвитку фага ZF40 розроблено індикаторну систему, яка включає фагочутливі штами RC5297 і 62A-d1, похідні від Pcc 62А.

•Встановлено, що лізогени, які несуть профаг ZF40, і лізогени по його clear-мутантам характеризуються суперімунітетом, який проявляється у набутті стійкості не тільки до гомоімунних фагів, але й до інфікування вірулентними мутантами. Виявлення вірулентних мутантів помірного фага ZF40 можливо при використанні особливих лізогенних варіантів.

•Помірний бактеріофаг ZF40 може утворювати два типи лізогенів, які розрізняються за рівнем спонтанної та лізогенної індукції. Доступність джерела вуглецю суттєво впливає на показники виходу фага. Показано, що присутність профага ZF40 призводить до дестабілізації дефектної лізогенії в клітинах Pcc.

•В роботі вперше описано лізогенну конверсію патогенності у пектолітичних ервіній, зумовлену помірним бактеріофагом ZF40. Показано, що наявність профага ZF40 призводить до відновлення патогенних властивостей лізогенних клітин слабовірулентного штама-дисоціанта Pcc 62A-d1 .

•Вперше показано, що термічна інактивація бактеріофага ZF40 носить двостадійний характер, що свідчить про гетерогенність віріонів фага ZF40. За допомогою термічної інактивації одержано набір температуростійких мутантів clear-типу.

•В роботі вирішена проблема стабілізації віріонів фага ZF40 із застосуванням буфера на основі фіколу. Для одержання високоочищених віріонів фага ZF40 вперше запропоновано метод двостадійного центрифугування в градієнті метризаміду з наступною їх очисткою в градієнті густини хлористого цезію.

•Побудовано фізичну карту сайтів рестрикції для ендонуклеаз рестрикції HindIII, BglII, PstI та BamHI геному фага ZF40 і визначено основні параметри циклічної пермутації. Вперше показано, що для віріонних ДНК фага дикого типу і його температуростійких clear–мутантів властива циклічна пермутація геному. Неперервний характер пермутації у фага дикого типу змінюється на дискретний у температуростійких мутантів clear-типу.

• За будовою та білковим складом фаг ZF40 є подібним до фага Р2 Escherichia coli. Структурна організація генома фага ZF40 є мозаїчною. Вона поєднує в собі циклічно пермутовану ДНК, упаковану в віріон Р2-типу, для якого властива упаковка за headful-механізмом.

•Здійснення фагом ZF40 генералізованої трансдукції плазміди pKM101 є підгрунтям для створення векторної системи на основі трансдукуючих фагових часток.

•Одержані результати стосовно структури ДНК фага ZF40 є основою для детального дослідження молекулярно-генетичної організації і виявлення генетичних детермінант патогенності у складі бактеріальних і фагових геномів.

•Фаги Т7-групи: FE44, ВА14, Т3 і Т7 є полівалентними. Охват полівалентності FE44 і ВА14 є найширшим і перекриває бактерії різних екологічних ніш: фітопатогени Eho і Erwinia amylovora, а також E. coli. Видоспецифічним фактором полівалентності FE44 є унікальна будова білка хвостової фібрили. Інші фактори, що забезпечують уникання дії систем рестрикції-модифікації, є спільними для групи Т7-подбіних фагів.

•Фаг FE44 підлягає абортивному виключенню з боку системи рестрикції-модифікації ІІІ типу EcoP1I в клітинах фітопатогенних бактерій E. “horticola” і E. amylovora, аналогічно до інших Т7-подібних фагів. Виключення спричинене множинністю цілевих послідовностей розпізнавання для рестриктази на ДНК фага (156 сайтів).

•Взаємодія фага FE44 і інших фагів Т7 групи із плазмідними та профаговими елементами клітини призводить до розвитку неспецифічної абортивної відповіді. Ефективність виключення фагів корелює із кількістю резидентних плазмідних чи профагових геномів в клітині і полягає в порушенні збирання фагового потомства в клітинах лізогенів.

•Геном бактеріофага FE44 розміром 39,667 тпн включає 51 відкриту рамку зчитування та набір Т7-подібних регуляторних елементів. Фаг FE44 розділяє 78.43% гомологічних білків із фагом Т7, і віднесений до роду T7-подібних фагів (taxid 110456). Геномна послідовність завантажена до бази даних GenBank під номером KF700371.1.

•Ген оcr фага FE44 кодує білок Т3-типу, який відрізняється від такого у фага ВА14 однією амінокислотною заміною. Функціональність цього білка залишається невстановленою.

•Розширення кола хазяїв порівняно з Т7 є можливим завдяки подовженню білка хвостових фібрил до 666 амінокислотних залишків, порівняно із 553 у Т7. Обмеження на рівні адсорбції долається за рахунок подовження білка хвостової фібрили FE44 в центральній ділянці із збереженням консервативності в дистальній ділянці. Це дозволяє досягати стереохімічно екранованої дистальними частинами ЛПС молекули консервативного рецептора.

•Бактеріофаги, виділені із уражених рослин після завершення інфекційного процесу Erwinia amylovora є полівалентними щодо 3 родів фітопатогенних бактерій (Pantoea agglomerans і Erwinia “horticola”). Проте, нездатні уражувати бактерії інших екологічних ніш. Були виявлені фаги В-морфотипу, фаг КЕУ, здатний уражувати штами E. amylovora та N4-подібний фаг ТТ10-27.
Практична значимість одержаних результатів полягає в наступному:

•Результати, одержані при дослідженні структури та лізогенії бактеріофага ZF40 пектолітичної Pectobacterium carotovorum є основою для створення системи клонування і експресії генів на основі пектобактерій. Дані стосовно індукції профага ZF40 за різних умов є необхідними для створення системи біодетекції ДНК-пошкоджуючих речовин, які здатні накопичуватись в сільськогосподарський сировині і готовій продукції. Крім того, результати дослідження конверсії патогенності, яку викликає в клітинах P. carotovorum помірний бактеріофаг ZF40 важливі для розуміння механізмів зміни вірулентності фітопатогенних бактерій і розробки ефективних стратегій боротьби з хворобами важливих культурних рослин.

•Дані стосовно тонкої будови апарату прикріплення фага ZF40 можуть бути використані для розробки систем біоконтролю фітопатогенних ервіній в оточуючому середовищі.

•В роботі запропоновано ефективний метод зберігання лізатів нестабільних бактеріофагів, що є важливим при створенні комерційних препаратів бактеріофагів і в рутинній лабораторній практиці .

•Авторами запропоновано ефективний методичній підхід для одержання, концентрації, розділення та очищення препаратів окремих компонентів фагових часток, який може бути використаний при створенні наноінженерних метал-вмісних компонентів заданої форми з використанням фагів в якості формотворчої основи.

•Дані стосовно причин полівалентності літичних фагів можуть бути використані при пошуку та створенні антимікробних препаратів на основі вірусів бактерій. Фаг FE44 може вважатись ефективним компонентом при створенні терапевтичних фагових сумішей.

•Дані стосовно тонкої будови апарату прикріплення бактеріофагів можуть бути використані при розробці системи цільової доставки лікарських засобів для боротьби з бактеріальними інфекціями.

•Одержана колекція фагів до бактерій, що викликають бактеріальний опік плодових дерев може бути використана в розробці фаготерапевтичних препаратів для агробізнесу. Крім того, перспективним є використання літичних ферментів ізольованих фагів для біоконтролю бактеріальних фіто-інфекцій.

•Результати дослідження структури популяції бактеріальних вірусів, що утворилась внаслідок фаголізису промислово цінного рекомбінантного штаму E. coli важливі при удосконаленні стратегій боротьби з фаголізисовм на виробництві. Ізольований фаг Lw1 може, крім того, використовуватись як компонент терапевтичних фагових сумішей для корекції дисбіотичних порушень.

Представлений цикл робіт є завершеним комплексним науковим дослідженням, яке стосується біології і генетики нових бактеріофагів важливих ентеробактерій. Наукові результати, одержані в даній роботі відповідають найкращім зарубіжним аналогам і представляють собою зразок найсучасніших світових досліджень. Вперше в Україні було здійснено сиквенування та анотацію повних геномів трьох бактеріофагів, геномні послідовності яких прийняті до бази даних GenBank.

Результати роботи використовуються в лабораторіях Інституту мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного і Одеського національного університету ім. І.І. Мечникова і відповідають кращим зарубіжним і вітчизняним аналогам.

Цикл наукових праць «Бактеріофаги фітопатогенних і промислово цінних ентеробактерій: особливості вірус-клітинної взаємодії, геноміка та специфіка морфогенезу» складається з 72 робіт, з яких 30 статей (23 з них опубліковано в журналах, що входять до Scopus). Кількість цитувань за Scopus – 15, індекс цитування за Scopus – 1. Два видання, в яких опубліковано наукові статті мають імпакт фактор 1,8 і 3,2.

СПИСОК ПУБЛІКАЦІЙ, ЩО УВІЙШЛИ ДО ЦИКЛУ ПРАЦЬ «БАКТЕРІОФАГИ ФІТОПАТОГЕННИХ І ПРОМИСЛОВО ЦІННИХ ЕНТЕРОБАКТЕРІЙ: ОСОБЛИВОСТІ ВІРУС-КЛІТИННОЇ ВЗАЄМОДІЇ, ГЕНОМІКА ТА СПЕЦИФІКА МОРФОГЕНЕЗУ»
Статті в монографіях

  1. Товкач Ф.И., Горб Т.Е., Романюк Л.В., Кушкина А.И., Остапчук А.Н., Иваница Т.В., Король Н.А., Файдюк Ю.В. Трубчатые чехлы хвостовых отростков дефектных бактериофагов Erwinia carotovora как потенциальные нанодозаторы антимикробных веществ/ Наноразмерные системы и наноматериалы: исследования в Украине/Редкол.: А.Г.Наумовец (глав.ред); НАН Украины. – К.: Академпериодика, 2014. – с. 569-574.

Статті

  1. Кушкіна А.І., Панщина Г.І., Товкач Ф.І. Довгострокове зберігання нестабільних бактеріофагів ентеробактерій/ Методи одержання чистих культур мікроорганізмів та їх довгострокове зберігання в колекціях / Уклад. Сельнікова О.П. та ін.. — К.: Т-во «Знання» України, – 2004. – С. 52 – 59
  2. Кушкина А.И., Товкач Ф.И. Индикаторная система для изучения лизогенного развития умеренного бактериофага ZF40 Erwinia carotovora // Мікробіол. журн. – 2005. – 67,№3. – С.50 – 60.
  3. Кушкина А.И., Товкач Ф.И., Горб Т.Е. Влияние лизогении на патогенность Erwinia carotovora // Збірник статей учасників Міжнародної наукової конференції .- Житомир: Вид-во «Державний агроекологічний університет». — 2005.- С. 142 – 146.
  4. Панщина А.И., Товкач Ф.И., Романюк Л.В. Новый подход к методам очистки умеренного бактериофага ZF40 Erwinia carotovora // Фітопатогенні бактерії. Фітонцидологія. Алелопатія: Збірник статей учасників Міжнародної наукової конференції (4 – 6 жовтня 2005р., м. Київ). – Житомир: Вид-во „Державний агроекологічний університет”, 2005. – С. 146 – 151.
  5. Кушкина А.И., Товкач Ф.И. Функциональная организация профага и лизогения у Erwinia carotovora с участием умеренного бактериофага ZF40 // Мікробіол. журн. – 2006. – T. 68, № 3. – С. 21 – 32.
  6. Кушкина А.И., Романюк Л.В., Горб Т.Е., Товкач Ф.И. Влияние профага на секрецию пектатлиазы у Erwinia carotovora // Доповіді Національної академії наук України – 2006. — №6. – С. 154 – 159.
  7. Панщина А.И., Товкач Ф.И. Внутригеномная гетерогенность умеренного бактериофага ZF40 Erwinia carotovora // Мікробіол. журн. – 2006. – т. 68, № 6. – С. 35 – 43.
  8. Панщина А.И., Товкач Ф.И., Романюк Л.В., Максименко Л.А. Физико-химические свойства умеренного бактериофага ZF40 Erwinia carotovora // Мікробіол. журн. – 2007. – т. 69, № 2. – С. 15 – 22
  9. Панщина А.И., Товкач Ф.И. Генерализованная трансдукция плазмиды pKM101 умеренным бактериофагом ZF40 Erwinia carotovora // Мікробіол. журн. – 2007. – т. 69, № 6. – С. 43 – 47.
  10. Товкач Ф.И., Иваница Т.В., Кушкина А.И. Характеристика дефектных частиц вирусной природы у бактерий рода Erwinia // Доповіді НАН України. – 2008. – №7. – С. 170 – 175.
  11. Романюк Л.В., Товкач Ф.И., Иваница Т.В., Кушкина А.И., Остапчук А.Н., Горб Т.Е. Абортивная инфекция у Erwinia carotovora как источник наночастиц фаговой природы // Мікробіол. журн. – 2010. – Т.72, №6, С.51–57.

12. Бурова Л.М., Товкач Ф.І., Кушкіна А.І., Бріцкая В.С. Використання лабораторних штамів Escherichia coli для вивчення коліциногенності // Мікробіол. журн. – 2010. – Т.72, №4. – С.48-54.

13. Король Н.А., Романюк Л.В., Остапчук А.Н., Иваница Т.В., Кушкина А.И., Товкач Ф.И. Особенности морфогенетического развития вирулентных мутантов эрвиниофага ZF40 // Мікробіол. журн. – 2011. – Т.73, №2. – С.58-64.

  1. Остапчук А. Н., Король Н. А., Романюк Л. В., Товкач Ф. И. Полипептидный состав и HPLC-хроматография вирулентных мутантов бактериофага ZF40 // Микробиол. Журн. – 2011. – Т.73, №5. – С. 54-60.

15. Burova L.M., Korneichuk E.P., Kushkina A.I., Tovkach F.I. Plasmid profile, colicinogeny and phage sensitivity as indicators of the dynamics of Escherichia coli population in the human gut // Мікробіол. журн. – 2012. –Т.74, №5. – С. 99 – 107.

16. Comeau AM, Tremblay D, Moineau S, Rattei T, Kushkina AI, Tovkach FI, Krisch HM, Ackermann HW. Phage morphology recapitulates phylogeny: the comparative genomics of a new group of myoviruses // PLoS One. 2012;7(7):e40102. Epub 2012 Jul 6.

  1. Korol N. A., F. I. Tovkach. Identification of the major proteins of the bacteriophage ZF40 Pectobacterium carotovorum virions // Microbiol.Zhurn. – 2012. – V.74, №4. – P.64-70.

18. Tovkach F.I., Ivanytsia T.V., Kushkina A.I. Characteristics of defective phage particles of Pectobacterium carotovorum ZM1// Мікробіол. журн. – 2012. – Т.74, №1. – С. 33 – 38.

19. Tovkach F.I., Zhuminska G.I., Kushkina A.I. Long-term preservation of unstable bacteriophages of Enterobacteria // Мікробіол. журн. – 2012. –Т.74, №2. – С. 60 – 66.

20. Kushkina A.I., Tovkach F.I, Comeau A.M., Kostetskii I.E., Lisovski I., Ostapchuk A.M., Voychuk S.I., Gorb T., Romaniuk L.V. Complete genome sequence of Escherichia phage Lw1, a new member of the RB43-group of pseudo T-even bacteriophages // Genome Announcement (ASM) – 2013. – N 6.

21. Товкач Ф.И., Мороз С.Н., Король Н.А., Файдюк Ю.В., Кушкина А.И. Поливалентность бактериофагов, изолированных из плодовых деревьев, пораженных бактериальным ожогом // Мікробіол. журн. – 2013. – Т.75, №2. – С. 80 – 88.

22. Товкач Ф.И., Файдюк Ю.В., Король Н.А., Кушкина А. И., Мороз С.Н., Мучник Ф.В. Электронная микроскопия и рестрикционный анализ бактериофагов, изолированных из айвы и груши с симптомами бактериального ожога // Мікробіол. журн. – 2013. – Т.75, №5. – С. 67 – 75.

23. Король Н.А., Товкач Ф.І. New approach for identification of bacteriophage virion structural proteins // Мікробіол. журн. – Т.75, № 6. – 2013. – С.73 – 80.

  1. Faidiuk I.V. Restriction of the growth of T7-like phages by plasmid prophage P1//Фактори експериментальної еволюції організмів: зб. наук. пр./ Національна академія наук України, Інститут молекулярної біології і генетики, Укр. т-во генетиків і селекціонерів ім. М.І. Вавилова; редкол.: В.А.Кунах (голов. ред.)[та ін.] – К.: Укр. т-во генетиків і селекціонерів ім. М.І. Вавилова, 2014. – Т.14. – C. 177–181. – ISSN 2219 – 3782.
  2. Faidiuk I.V., Tovkach F.I. Exclusion of polyvalent T7-like phages by prophage elements// Мікробіол. журн. – 2014. – 76, № 5. – С. 42–50.

26. Faidiuk I.V., Tovkach F.I. Phytopathogenic bacteria phenotype conversion as a result of their lysogenisation by coliphage P1// Мікробіол. журн. – 2014. – 76, № 2. – С. 59–66.

27. Кушкіна А.І. Структурні та генетичні особливості літичного бактеріофага Lw1, нового представника псевдо Т-парних фагів/Фактори експериментальної еволюції організмів: зб. наук. пр./ Національна академія наук України, Інститут молекулярної біології і генетики, Укр. т-во генетиків і селекціонерів ім. М.І. Вавілова; редкол.: В.А. Кунах (голов.ред.) [та ін.]. – К.: Укр. т-во генетиків і селекціонерів ім. М.І. Вавілова, 2015. – Т.15. – с. 55-57.

28. Kharina A., Podolich O., Faidiuk I., Zaika S., Haidak A., Kukharenko O., Zaets I., Tovkach F., Reva O., Kremenskoy M., Kozyrovska N. Temperate bacteriophages collected by outer membrane vesicles in Komagataeibacter intermedius// J. Basic Microbiol. – 2015. – 4, V.55. – P. 509–513.

29. Faidiuk I.V., Boyko A.A., Muchnyk F.V., Tovkach F.I. Virion morphology and structural organization of polyvalent bacteriophages TT10-27 and KEY// Мікробіол. журн. – 2015. – 77, № 3. – C. 28–38.
Тези доповідей

  1. Кушкина А.И. Получение и анализ clear-мутантов умеренного бактериофага ZF40 Erwinia carotovora // Материалы международной конференции «Современное состояние и перспективы развития микробиологии и биотехнологии», Минск, 2004, с. 155-156
  2. Кушкина А.И., Товкач Ф.И., Романюк Л.В. Общая характеристика clear-мутантов бактериофага ZF40 Erwinia carotovora // Біоресурси і віруси. IV міжнародна конференція, 2004, с.15.
  3. Кушкина А.И. Изменение патогенности Erwinia carotovora под влиянием умеренного бактериофага ZF40 // 9-я международная Пущинская школа-конференция молодых ученых, 2005, с. 35-36.
  4. Кушкина А.И., Товкач Ф.И., Горб Т.Е. Конверсия патогенности у лизогенов Erwinia carotovora // Тези доповідей Міжнародної конференції «Фітопатогенні бактерії. Фітонцидологія. Алелопатія», 2005, Київ, с. 54.
  5. Кушкіна А.И. ZF40 – новый умеренный бактериофаг фитопатогенной Erwinia carotovora // Тези доповідей ІХ конференції молодих дослідників «актуальні проблеми фізіології, генетики та біотехнології рослин і грунтових мікроорганізмів», 2005, Київ, с.78.
  6. Панщина А.И., Товкач Ф.И., Романюк Л.В. Эффективная очистка вирионов умеренного бактериофага ZF40 Erwinia carotovora // Збірник статей учасників Міжнар. наук. конф. «Фітопатогенні бактерії. Фітонцидологія. Алелопатія». – Київ, 2005. – С. 56.
  7. Панщина А.И. Изучение температуроустойчивых мутантов умеренного бактериофага ZF40 Erwinia carotovora // Материалы международной школы-конференции молодых ученых „Биология – наука XXI века” (Пущино, 17 – 21 апреля, 2006). – Пущино. – 2006. – С. 206.
  8. Кушкина А.И., Панщина А.И., Товкач Ф.И. Вирулентные мутанты умеренного бактериофага ZF40 фитопатогенной Erwinia carotovora subsp. carotovora // Тезисы российской школы-конференции “Генетика микроорганизмов и биотехнология», Москва-Пущино-на-Оке, 2006, с.57.
  9. Кушкина А.И., Романюк Л.В., Горб Т.Е., Товкач Ф.И. Функциональная организация и лизогения у Erwinia carotovora с участием умеренного бактериофага ZF40 // Там же, с. 58.
  10. Товкач Ф.И., Черватюк Н.В., Кушкина А.И., Бурова Л.М., Панщина А.И., Иваница Т.В., Сергеева Ж.Ю., Горб Т.Е., Романюк Л.В. Перспектива создания биотехнологической системы на основе erwinia carotovora, ее бактериофагов и плазмид // Тези доповідей Міжнародної наукової конференції «Мікробні біотехнології», Одеса, 2006, с. 30.
  11. Панщина А.И., Кушкина А.И., Романюк Л.В., Товкач Ф.И. Экспериментальная система для изучения процесса упаковки ДНК бактериофага ZF40 Erwinia carotovora // Матеріали V міжнародної конференції „ Біоресурси та віруси” (Київ, 10 – 13 вересня, 2007). – Київ. – 2007. — С. 158.
  12. Panshchina A.I. Genetical transfer of plasmid pKM101 by temperate bacteriophage ZF40 of Erwinia carotovora // The young scientists` and students` International scientific conference „Modern problems of microbiology and biotechnology„ (Odessa, 28 – 31, May, 2007). Odessa: Astroprint. – 2007. – P. 169.
  13. Ivanitsa T.V., Ostapchuk A.M., Kushkina A.I., Tovkach F.I. Mechanism of formation of defective phage particles of Erwinia carotovora // Eliava-2008: Phage Biology, Ecology and Therapy Meeting, June 12-15, Tbilisi, Georgia
  14. Kushkina A.I., Ostapchuk A.M, Tovkach F.I. The Identification of Bacteriophage Actives to Biothechnological Strain E. coli BL21 and its derivates// Ukrainian-Polish Weigl Conference „Microbiology on Service for Human” Book of Abstract. — Odesa, 2009. – P.129.
  15. Ivanitsya T., Krylova K., Ostapchuk A., Kushkina A., Tovkach F. Complex researches of the profiles of Erwinia carotovora’s defective phage particles // Ukrainian-Polish Weigl Conference „Microbiology on Service for Human” Book of Abstract. — Odesa, 2009. – Р. 127-128.
  16. Кушкіна А.І., Остапчук А.М., Віятик Л.П., Іваниця Т.В., Костецький І.Є., Товкач Ф.І. Ідентифікація нового бактеріофага штаму E. coli BL21(DE3) // XII з’їзд Товариства мікробіологів України ім. С.М. Виноградського: Тези доповідей 25-30 травня 2009 р., Ужгород – Ужгород: ВАТ «Патент», 2009. – с. 443.
  17. Kushkina A.I., Ostapchuk A.M., Krylova E.D., Ivanytsa T.V., Tovkach F.I. Fast identification of virus-like macromolecular complexes // 21st IUBMB & 12th FAOBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology 2009, Shanghai, China
  18. Kushkina A., Kostetskii I., Lisovskiy I., Tovkach F. Isolation and identification of bacteriophages of Escherichia coli BL21 // First International Congress «Viruses of Microbes», 2010, June 21-25, Paris, France.
  19. Korol N. A., Romaniuk L.V., Ivanytsa T.V., Ostapchuk A.N., Tovkach F.I. Characteristics of phage ZF40 reproduction in cells of various bacterial hosts // Polish-Ukrainian Weigl Conference: “From microbiology to synthetic biology”, Wroclaw, May 18-20, 2011. – P. 115.
  20. Korol N. A., A.N. Ostapchuk, L.V. Romanyuk, F.I. Tovkach. HPLC as a tool for studying native phage particles of bacteriophage ZF40 Pectobacterium carotovorum // Conference “Bacteriophages and probiotics – alternatives to antibiotics” – July 1-4, 2012. – Tbilisi, Georgia. – P. 74.
  21. Korol N.A.,, A.N. Ostapchuk, , L.V.Romanyuk, F.I. Tovkach. Physical and chemical properties of the virions of erwiniophage ZF40 mutant variants // Conference “Viruses of microbes” – July 16-20, 2012. – Brussels, Belgium. – P.
  22. Korol N. A., Tovkach F.I. Obtaining separate components of a phage virion for correlating the putative structural genes with real phage ZF40 virion polypeptides // The 20th Evergreen International Phage Meeting. – 4-9 August, 2013. – Olympia, Washington, USA. – P. 121.
  23. Король Н. А., Товкач Ф. И. Модельная система для идентификации белков отдельных структурных компонентов вириона на основе фага Т4 E. coli // Тези доповідей XIII З’їзду Товариства мікробіологів України ім. С.М. Виноградського. – 01-06 жовтня 2013 р. – Ялта. – С. 457.
  24. Файдюк Ю.В., Товкач Ф.И. Молекулярная генетика поливалентного бактериофага FE44// XIII З’їзд Товариства Мікробіологів України ім. С.М. Виноградського, Тези Доповідей, 1–6 жовтня 2013 р., Ялта. – С. 479.
  25. Faidiuk I.V. Phage P1 lysogenic conversion of phytopathogenic bacteria // Імунологія та алергологія: наука і практика. Додаток №1΄2014. Тези доповідей міжнародної наукової конференції «Мікробіологія і імунологія – перспективи розвитку в ХХІ столітті». 10–11 квітня 2014 р., м. Київ. – С. 25–
  26. Kushkina A., Tovkach F., Comeau A., Gorb T., Romaniuk L. Complete genome sequence of Escherichia phage Lw1, a new member of the RB43 group of pseudo T-Even bacteriophages // EMBO Conference on Viruses of microbes III: Structure and Function – from Molecules to Communities. 2014, July 14-18, Zurich, Switzerland.
  27. Korol N., L. Romaniuk, A. Van den Bossche, J-P., Noben, R. Lavigne, F. Tovkach. Identification of major structural proteins of a “dwarf” bacteriophage ZF40 Pectobacterium carotovorum // Viruses of Microbes Conference. — July 14 — 18, 2014. — Zurich, Switzerland. – Р. 89.
  28. Faidiuk I.V., Tovkach F.I. Biological properties and genome structure of polyvalent T7-like bacteriophage FE44// EMBO Conference on Viruses of Microbes III: Structure and function – from molecules to communities. July 14–18, 2014. Swiss Federal Institute of Technology (ETH) Zurich, Switzerland. – Programme and Abstract Book. – P.160–161.
  29. Kushkina A., F. I. Tovkach, A.M. Comeau, T. I. Gorb, L. V. Romaniuk. Complete genome sequence of Escherichia coli BL21(DE3) lytic T4-like bacteriophage Lw1 // Congress BIO2014, 2014, September 9-12, Warsaw, Poland.
  30. Zhuminska G.I., Malanyuk A.V. Mosaic organization of the genome of temperate bacteriophage ZF40 of a phytopatogenic bacterium Pectobacterium carotovorum // Abstracts of the International conference for young scientists (June 1 st -4 st , 2015) «Actual problems of microbiology and biotechnology». – Odessa. – 2015. – P. 66.
  31. Korol N. A. Characteristics of the genome structural region of temperate bacteriophage ZF40 Pectobacterium carotovorum // Conference “Actual problems of microbiology and virology”. – Odesa, Ukraine. – 1-4 June, 2015. – P. 64.
  32. Faidiuk I.V., Tovkach F.I. Phages of T7-group as factors eliminating R-forms from populations of pathogenic bacteria// 21st Biennial Evergreen International Phage Meeting – Aug. 2–7, 2015. The Evergreen State Colege, Olympia, WA, USA. – Abstract Book – P.27.
  33. Korol N. А., Tovkach F. I. Analysis of the genome morphogenetic region of bacteriophage ZF40 Pectobacterium carotovorum // Conference for young scientists – 2015. – Kyiv, Ukraine. – 21-25 September, 2015.
  34. Faidiuk I.V., Tovkach F.I. Factors determining the polyvalency of T7-like phage FE44 // International Conference of Young Scientists (CYS-2015) “Today’s challenges in molecular and cell biology” – Sept. 21–25, 2015., Institute of Molecular Biology and Genetics NAS of Ukraine, Kyiv, Ukraine – Abstract Book – P.92.

Навчально-методичні посібники

  1. Методичні вказівки до проведення IV Літньої школи «Молекулярна мікробіологія і біотехнологія». Товкач Ф.І., Іваниця В.О., Жумінська Г.І., Іваниця Т.В., Ліманська Н.В., Кушкіна А.І., Черватюк Н.В., Крилова К.Д., Сергєєва Ж.Ю. // ОНУ. – Одеса. – 2009. — 18 с.
  2. Методичні вказівки до проведення V Літньої школи «Молекулярна мікробіологія і біотехнологія». / Кушкіна А.І., Ліманська Н.В., Черватюк Н.В., Іваниця Т.В., Остапчук А.М., Жумінська Г.І., Сергєєва Ж.Ю., Крилова К.Д., Товкач Ф.І., Іваниця В.О. // ОНУ. – Одеса. – 2010. — 28 С.
  3. Лабораторний практикум з молекулярної мікробіології, вірусології, біотехнології і біоінформатики: методичний посібник. / Ліманська Н.В., Сергєєва Ж.Ю., Іваниця Т.В., Васильєва Н.Ю., Остапчук А.М., Кушкіна А.І., Жумінська Г.І., Товкач Ф.І. – Одеса: «Одеський національний університет імені І.І. Мечникова», 2011. – 36 с.
  4. Методичні вказівки до проведення лабораторних занять з молекулярної мікробіології, біотехнології і біоінформатики: посібник. / Ліманська Н.В., Сергєєва Ж.Ю., Іваниця Т.В., Васильєва Н.Ю., Остапчук А.М., Кушкіна А.І., Крилова К.Д., Товкач Ф.І. – Одеса: «Одеський національний університет імені І.І. Мечникова», 2012. – 36 с.
  5. Laboratory workshop on molecular microbiology, virology, biotechnology and bioinformatics // Handbook. / Sergieieva Zh.Yu., Limanska N.V., Ivanytsia T.V., Krylova K.D., Vasyleva N.Yu., Ostapchuk A.M., Korol N.A., Tovkach F.I. – Odessa: ONU named after I.I. Mechnikov, 2013. – 38 p.
  6. Лабораторний практикум з молекулярної мікробіології, вірусології, біотехнології і біоінформатики: методичний посібник. / Сергєєва Ж.Ю., Ліманська Н.В., Іваниця Т.В., Крилова К.Д., Васильєва Н.Ю., Остапчук А.М., Жумінська Г.І., Коротаєва Н.В., Товкач Ф.І. – Одеса: «Одеський національний університет імені І.І. Мечникова», 2013. – 40 с.
  7. Лабораторний практикум з молекулярної мікробіології, вірусології, біотехнології і біоінформатики: методичний посібник. / Сергєєва Ж.Ю., Ліманська Н.В., Іваниця Т.В., Крилова К.Д., Васильєва Н.Ю., Остапчук А.М., Жумінська Г.І., Коротаєва Н.В., Товкач Ф.І. – Одеса: «Одеський національний університет імені І.І. Мечникова», 2014. — 40 с.
  8. Лабораторний практикум з молекулярної мікробіології, вірусології, біотехнології і біоінформатики: методичний посібник. / Сергєєва Ж.Ю., Ліманська Н.В., Іваниця Т.В., Крилова К.Д., Васильєва Н.Ю., Остапчук А. М., Жумінська Г.І., Коротаєва Н.В., Товкач Ф.І. – Одеса: «Одеський національний університет імені І.І. Мечникова», 2015. — 40 с.

База даних захищена авторським правом ©mediku.com.ua 2016
звернутися до адміністрації

    Головна сторінка
Інформація Автореферат Анализ Диплом Додаток Доклад Задача Закон Занятие Звіт Инструкция

Рейтинг
( Пока оценок нет )
Понравилась статья? Поделиться с друзьями:
Добавить комментарий